به منظور ارتقای سطح فرهنگی و آموزشی کشور و تعلیم و تربیت انسان‌های متعهد و متخصص، مؤسسه عام المنفعه خواجه نصیر الدین طوسی در سال 1370 از سوی پیشکسوتان متدین عرصه آموزش و فرهنگ و جمعی از جوانان دانش آموخته متعهد دانشگاهی و با کسب مجوز رسمی از وزارت آموزش و پرورش فعالیت خود را به صورت رسمی آغاز کرده‌است که در این راستا واحدهای مختلف فرهنگی و آموزشی شامل مدارس راهنمایی، دبیرستان، هنرستان، پیش دانشگاهی و مرکز آموزش و پرورش از راه دور دخترانه و پسرانه و انتشارات راه اندازی شده‌است.

همچنین از  سال 77 و در راستای اهداف عالیه فرهنگی و تربیتی این موسسه اردوهایی بلند مدت با نام «اردوی جهادی» برای دانش آموزان و فارغ التحصیلان موسسه راه اندازی  کرده است که در این اردوها همه ساله جمعی از دانش آموزان و مربیان و فارغ التحصیلان به یکی از مناطق محروم کشور اعزام می شوند.

خوشبختانه برگزاری اردوهای جهادی دانش آموزی، دانشجویی اثرات بسیار مثبتی در میان شرکت کنندگان و نیز نتایج مطلوبی در جهت محرومیت زدایی در مناطق محروم داشته است. بطوری که همه ساله بر تعداد افرادی که تمایل به حضور در اردو یا کمک رسانی مادی و معنوی به مناطق محروم دارند افزوده می شود و این امر مسئولین موسسه را بر آن داشت که فعالیت‌های خود را در مناطق محروم گسترش داده و با راه اندازی مجموعه ای مستقل فعالیتهای محرومیت زدایی خویش را بویژه در مناطق روستایی کشور گسترش دهد. که در این راستا و پس از 12 سال فعالیت مداوم در مناطق محروم کشور، تشکیلاتی مستقل تحت عنوان «بنیاد خیریه غیردولتی خواجه نصیر طوسی» به شماره ثبت 25509 و با کسب مجوز از وزارت کشور و با محدوده فعالیت فرا استانی درسال 1389 راه اندازی گردید.